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はじめに

OpenMPI実行ノードの順番を決めるhostfileを変更して、姫野ベンチマークでOpenMPIの性能を再測定したことを、この記事として投稿した。投稿後、改めて考えてみて、CPU、クロックの性能から自分が判断するのではなく、客観的な数値で判断することにした。

そこで今回、個々のワークステーション（ノード）の性能を測定し、その結果に従ってhostfileの順序を決め、再々測定することにした。

はじめに

1ヶ月前のこの投稿で、姫野ベンチマークによるOpenMPIの性能を測定した。その記事を見た先輩からhostfileの順番について改善点を指摘していただいた。この投稿では、hostfileを修正して再度性能測定した結果をまとめた。

はじめに

この記事ではAthena++のチュートリアル4に取り組んだことを投稿した。ここでは、3次元におけるRayleigh-Taylor不安定性の課題に挑戦したので、その内容を投稿する。

はじめに

この投稿で並列計算した3次元磁気流体シミュレーション結果を可視化する。可視化はMac上で動作するVisIt 3.3.3で行う。

はじめに

先月投稿したこの記事までで、OpenMPIをDockerコンテナに組み込み、マルチノードで並列計算できることは確認できた。この投稿では、上記で作成したDockerコンテナを使って、Athena++のチュートリアル4「3次元磁気流体シミュレーションと並列計算」をマルチノードで実行させる。

モチベーション

昨日のこの投稿の通り、複数ノード上で動作しているDockerコンテナでOpenMPIを使ったプログラムを動かせるようになった。OpenMPIによってどのぐらい性能が向上するのかを調べたくなったので、ベンチマークすることにした。 実は、今回も少し苦労した点があり、その部分が他の方の参考になれば嬉しい。

モチベーション

以前このポストで述べたように、Athena++をマルチノードで動かすことをゴールに進めている。その前段階として、OpenMPIを設定したDockerコンテナを複数ノードで実行させることを試みた。自分としては、少し苦労した点もあり、他の方にも参考になるかもしれないので、今回実施したことをまとめ投稿する。

はじめに

以前のポストで、Athena++をインストールして最初のチュートリアル「1D Hydorodynamics and MHD」を実行した内容をまとめた。本ポストはその続きで、ビジュアル化などを行うチュートリアルを実行したので、その内容をまとめた。

はじめに

以前から宇宙物理関連のシミュレーションを試してみたいと思っていて、enzo、gadget、gizmo等を調べていた。たまたまAthenaを知り、調べてみると東北大学の富田賢吾准教授が日本語のページを管理されており、日本語の情報もあるので、試してみることにした。

ここでは、インストールしてチュートリアルを実行するところまでをまとめたのでポストする。

モチベーション

この記事において量子化については、否定的な言い方で終わったが、少し調べてみると興味深い領域であると思い直し、量子化について実験したので、その内容をここにまとめる。