はじめに
以前この記事でWorkstationにUbuntu 20.04をクリーンインストールしたことを書いた。そのWorkstationにDocker, Singularityをインストールしたので、自身のメモのため、以下に記事としてまとめる。
参考ページ
- それぞれのテーマによって、次のページを参考にさせてもらった。感謝。
- Dockerインストール
- Dockerで「–gpus all」オプションでエラーの場合の対処方法は、このページ。
- Singuralityのインストールは、本家のマニュアルページ
Dockerインストール
パッケージリストを更新、インストールに必要なパッケージをインストール
$ sudo apt update
$ sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common
公式DockerリポジトリのGPGキーを追加
$ curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -
Dockerリポジトリを追加、パッケージングデータベースを更新
$ sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu focal stable"
$ sudo apt update
Dockerリポジトリよりインストール
$ sudo apt install docker-ce
デーモン起動確認でインストールを確認
$ sudo systemctl status docker
● docker.service - Docker Application Container Engine
Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.service; enabled; vendor preset>
Active: active (running) since Tue 2021-08-24 10:34:27 JST; 1min 8s ago
TriggeredBy: ● docker.socket
・・・以下略・・・
起動確認
※ sudoなしで、Dockerを起動できる設定はしなかったので、dockerコマンドの前にsudo必須。
$ sudo docker run hello-world
[sudo] xxxx のパスワード:
Unable to find image 'hello-world:latest' locally
latest: Pulling from library/hello-world
b8dfde127a29: Pull complete
Digest: sha256:0fe98d7debd9049c50b597ef1f85b7c1e8cc81f59c8d623fcb2250e8bec85b38
Status: Downloaded newer image for hello-world:latest
Hello from Docker!
This message shows that your installation appears to be working correctly.
・・・以下略・・・
「–gpus all」オプションで次のようなエラーが発生した場合
docker: Error response from daemon: could not select device driver "" with capabilities: [[gpu]].
上にあげた記事を参考に、次のシェルスクリプト（nvidia-container-runtime-script.sh）を用意し、
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-container-runtime/gpgkey | \
sudo apt-key add -
distribution=$(. /etc/os-release;echo $ID$VERSION_ID)
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-container-runtime/$distribution/nvidia-container-runtime.list | \
sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-container-runtime.list
sudo apt-get update
# Execute the script
その上で、次を順次実行する。
$ sh nvidia-container-runtime-script.sh
$ sudo apt-get install nvidia-container-runtime
正常に終了すれば、次の通り。
$ sudo docker run -it --rm --gpus all ubuntu nvidia-smi
[sudo] xxxx のパスワード:
Fri Sep 3 14:47:38 2021
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 460.91.03 Driver Version: 460.91.03 CUDA Version: 11.2 |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |
| | | MIG M. |
|===============================+======================+======================|
| 0 GeForce GTX TITAN Off | 00000000:04:00.0 Off | N/A |
| 30% 33C P8 13W / 250W | 11MiB / 6083MiB | 0% Default |
| | | N/A |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
| 1 Quadro K2000 Off | 00000000:05:00.0 On | N/A |
| 30% 31C P8 N/A / N/A | 101MiB / 1996MiB | 0% Default |
| | | N/A |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes: |
| GPU GI CI PID Type Process name GPU Memory |
| ID ID Usage |
|=============================================================================|
+-----------------------------------------------------------------------------+
Singularityインストール
関連するパッケージをインストール
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
> build-essential \
> uuid-dev \
> libgpgme-dev \
> squashfs-tools \
> libseccomp-dev \
> wget \
> pkg-config \
> git \
> cryptsetup-bin
goをインストール
$ export VERSION=1.14.12 OS=linux ARCH=amd64 && \
wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \
sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \
rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
goのPATHを設定
$ echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
> echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
> source ~/.bashrc
singularityをダウンロード
$ export VERSION=3.8.0 && # adjust this as necessary \
> wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
> tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
> cd singularity-ce-${VERSION}
singularityをコンパイル
$ ./mconfig && \
> make -C ./builddir && \
> sudo make -C ./builddir install
インストール確認のため、Sylabs Cloud libraryのコンテナを起動
$ singularity exec library://alpine cat /etc/alpine-release
3.14.0
今後について
およそ一年前、この記事では、dockerコンテナからsingularityコンテナ（sifファイル）を作る記事を書いた。
今後は、jupyterlabやNVIDIA HPC SDKのsingularityコンテナをdefinition fileから作りたい。